Nanny McPhee verschijnt aan de deur van een jonge moeder die de familieboerderij probeert te runnen terwijl haar man in de oorlog zit. Maar eenmaal aangekomen ontdekt Nanny dat de kinderen hun eigen oorlog uitvechten tegen twee verwende neven uit de stad die net bij haar zijn komen wonen. Nanny vertrouwt op alles, van een vliegende motorfiets en een standbeeld dat tot leven komt tot een boomklimmend biggetje en een babyolifant, en gebruikt haar magie om haar ondeugende kinderen vijf nieuwe lessen te leren.